Cochrane 系统评价检索策略制定之PubMed

2020-05-10 18:22

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编者按:meta分析入门至关重要的一个技能便是检索技巧。

 

按约定,科研君在获得重庆医科大学附属第二医院肝胆外科的程瑶、龚建平两位老师的授权后,分享他们的检索技巧心得三部曲之一——通过实例讲解 Cochrane 系统评价 PubMed 数据库检索策略的制定过程。

 

测试环境:采用 Cochrane 肝胆组的系统评价检索策略,文章题目是 Robot assistant for laparoscopic cholecystectomy (Review),并将检索范围限定为只纳入 RCT 类文章。

 

第一次看这种检索策略头晕是很正常的,下面请听分解。

 

 

 

 

 

 

 

检索策略框架解构

 

 

 

 

 

 

PICOS 是指 Patients(研究对象),Intervention(干预措施),Compare(比较),Outcome(结局),Study Design(设计类型),常用来制定检索策略。但是一般只用到其中的 PIS。

 

P 就是 Participants 或者 Patients。我搜索的这篇是机器手辅助用于腹腔镜胆囊切除术。那么 P 就是做腹腔镜胆囊切除术的患者。下面划横线的地方,就是 P。

 


I 就是 Intervention。本例的干预措施是机器手辅助,下面划横线的地方,就是 I。

 


S 就是 Study Design。这篇文章的检索范围限定在 RCTs 中,所以要用到筛查 RCTs 的过滤器(search filter),请看下面划横线部分就是 S。

 


看了分析后,我们不经要问,大牛能做出这个来,但对我这个初学者,怎么做得出这么复杂的检索策略呢?其实不难,我们再细细分解。

 

 

 

 

 

 

 

策略详拆之P

 

 

 

 

 

 

 

  • 细解自由词、关键词 、主题词 

 

分解 P((laparoscop* OR coelioscop* OR celioscop* OR peritoneoscop*)AND (cholecystectom*)) OR cholecystectomy, laparoscopic[MeSH])。

 

上述是怎么来的呢?首先讲讲自由词、关键词 、主题词 [MeSH]。

 

laparoscop*这种就是自由词,后面没有加限制,*是后面跟随意字母的意思。 cholecystectomy[tiab] 这种就是关键词,[tiab] 是 title 和 abstract 的缩写,表示 cholecystectomy 要在标题和摘要里有。cholecystectomy, laparoscopic[MeSH] 就是主题词,主题词是 PubMed 的专家给每篇文章标记的。

 

系统评价就是要集合目前世界上所有相关证据,查得越全越好。用关键词检索,查全的敏感性高,但是要牺牲特异性,会导致查得结果太多,以后筛查工作量会非常大。主题词就是起协调作用,更容易查全查准,主题词这么好,那大牛为什么还要用自由词呢?

 

原因有二:
(1)PubMed 专家也可能犯错误,主题词标记错误。
(2)新的文章专家来不及标主题词。比如下面两篇文章,一篇有主题词,另一篇很新就无主题词

 




所以 Cochrane 制定的系统评价一般都是主题词+自由词,或者主题词+关键词。后者弥补前者的两个弱点。

 

本例的 cholecystectomy, laparoscopic[MeSH] 是主题词,(laparoscop* OR coelioscop* OR celioscop* OR peritoneoscop*) AND (cholecystectom*) 是自由词组合。

 

那么初学者怎么想的到这么复杂的检索式,比如我怎么知道 cholecystectomy, laparoscopic[MeSH] 是主题词,怎么来的?(laparoscop* OR coelioscop* OR celioscop* OR peritoneoscop*) 这一串这么复杂,打死我也想不出来。

 

  • 寻找主题词

 

先讲 cholecystectomy, laparoscopic[MeSH] 是主题词是怎么来的。在 PubMed 里面以 laparoscopic cholecystectomy 检索进入,你就会发现,最近新发的文章都没有 MeSH。那我们就之前的文章来看,来研究一下,专家标的 MeSH。

 


下面是随意找的两篇文章的 MeSH,一起来研究共同点。发现 MeSH Terms 里面都有 cholecystectomy, laparoscopic,我们在后面加一个 [MeSH] 特指一下就行了。cholecystectomy, laparoscopic[MeSH] 怎么来的就一目了然了。

 


  • 寻找自由词

 

(laparoscop* OR coelioscop* OR celioscop* OR peritoneoscop*) AND (cholecystectom*) 这一串怎么来的,这是玩文字游戏,同义词替换而已。laparoscopy OR coelioscopy OR celioscopy OR peritoneoscopy,你翻翻字典就知道它们是近义词。为什么要加星号*,laparoscop*= laparoscopy+laparoscopies......

 

假如你是新手,找不到全这些近义词,那你可以下载 Cochrane 文章下来看。比如想写腹腔镜胆囊切除术的文章,那就直接用大牛制定好的来用就是了。假如你要写其他方面的文章,比如 HIV,可以在 Cochrane library 上搜索相应文章,来找这些含义相近的同义词。

 



 

 

 

 

 

 

 

策略详拆之I

 

 

 

 

 

 

下面这一串「Robotics」[MeSH] OR「remote operations」OR telerobotics OR「robot-assisted」OR「robot assisted」OR robotics 怎么来的?「Robotics」[MeSH] 就是主题词,用刚才的方法可以找得到,见下图。

 


「remote operations」OR telerobotics OR「robot-assisted」OR「robot assisted」OR robotics 这串自由词组合怎么来的?

 

我们同样可以通过检索以前的文章,参考别人使用的自由词,拿过来直接用就可以了。

 

 

 

 

 

 

 

策略详拆之S

 

 

 

 

 

 

(((randomized controlled trial [pt] OR controlled clinical trial [pt] OR randomized controlled trials [mh] OR random allocation [mh] OR double-blind method [mh] OR single-blind method [mh] OR clinical trial [pt] OR clinical trials [mh] OR (「clinical trial」[tw]) OR ((singl* [tw] OR doubl* [tw] OR trebl* [tw] OR tripl* [tw]) 

 

AND(mask* [tw] OR blind* [tw])) OR (placebos [mh] OR placebo* [tw] OR random* [tw] OR research design [mh:noexp])NOT (animals [mh] NOT human [mh]))))。

 

这个和 PubMed 的 RCTs 过滤器(下图)表示的含义一样

 


检索式 8 是指所有的 RCT 试验,9 是动物实验,最后 8 和 9 用 NOT 连在一起,就是除去所有动物实验的 RCT。

 

如果需要筛选 RCT 文章,把下面这段话直接 COPY 到你的检索策略最后加 AND 就行了 :(randomized controlled trial [pt] OR controlled clinical trial [pt] OR randomized [tiab] OR placebo [tiab] OR clinical trials as topic [mesh: noexp] OR randomly [tiab] OR trial [ti]) NOT (animals [mh] NOT humans [mh])。

 

实际上现在很多常用数据库都可以在检索中直接点击按钮,将检索范围限制为 RCT,有关人的研究,英语文章等。

 

 

 

 

 

 

 

PIS检索策略再回顾

 

 

 

 

 

 

P:(((laparoscop* OR coelioscop* OR celioscop* OR peritoneoscop*) AND (cholecystectom*)) OR cholecystectomy, laparoscopic[MeSH])

 

 

I:(「Robotics」[MeSH] OR「remote operations」OR telerobotics OR「robot-assisted」OR「robot assisted」OR robotics)
 

 

S:(randomized controlled trial [pt] OR controlled clinical trial [pt] OR randomized [tiab] OR placebo [tiab] OR clinical trials as topic [mesh: noexp] OR randomly [tiab] OR trial [ti]) NOT (animals [mh] NOT humans [mh])

 

 

最后 P AND I AND S:
(((laparoscop* OR coelioscop* OR celioscop* OR peritoneoscop*) AND (cholecystectom*)) OR cholecystectomy, laparoscopic[MeSH]) AND (「Robotics」[MeSH] OR「remote operations」OR telerobotics OR「robot-assisted」

 

OR「robot assisted」OR robotics) AND (randomized controlled trial [pt] OR controlled clinical trial [pt] OR randomized [tiab] OR placebo [tiab] OR clinical trials as topic [mesh: noexp] OR randomly [tiab] OR trial [ti]) NOT (animals [mh] NOT humans [mh])

 

最后放到 PubMed 里面检验如下图:这篇 Cochrane 的四篇 RCTs 都包含在内。

 


大功告成,希望你有所收获,到科研论文时间(dxypaper)给我们个大拇指,下回接着分解检索技巧之 The Cochrane Library。

 

编辑:任悠悠

题图:shutterstock1515680064105180.jpg

 

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