果蝇广泛地存在于全球温带及热带气候区，由于其主食为酵母菌，且腐烂的水果易滋生酵母菌，因此在人类的栖息地内如果园，菜市场等地区内皆可见其踪迹。除了南北极外，目前至少有1000个以上的果蝇物种被发现，大部分的物种以腐烂的水果或植物体为食，少部分则只取用真菌，树液或花粉为其食物。果蝇类昆虫与人类一样分布于全世界， 并且在人类的居室内过冬。由于体型小，很容易穿过纱窗，因此居家环境内也很常见。有些种生活以腐烂水果上。有些种则在真菌或肉质的花中生活。在垃圾筒边或久置的水果上，只要发现许多红眼的小蝇，即是果蝇；果蝇类幼虫习惯孳生于垃圾堆或腐果上。
小果蝇对危害人类健康的家居装饰材料所散发的有毒气体非常敏感，这种有毒气体一般被称为“隐形杀手”。作为一种真核多细胞昆虫，果蝇有类似哺乳动物的生理功能和代谢系统，对空气质量非常敏感。果蝇的异常表现能反应室内空气污染。目前，对人类健康的威胁，室内空气污染已列十强之一。这些有毒物质主要是不合格家居装饰材料所排放，其在中国污染原因年度报告上的死亡人数已愈111,000人。
六种被称作视紫红质（rhodopsins）的生物色素在果蝇眼睛的光线感知中发挥着已被广泛接受的作用。它们中的三种也在温度感觉中发挥着不依赖光线的作用。如今，一项新的研究证实第七种视紫红质，即Rh7，在果蝇大脑中表达，在那里，它调节着果蝇的昼夜活动周期。
视紫红质是在19世纪70年代发现的。众所周知，它们在光线感知和图像形成中发挥着重要的作用。六种已知的果蝇视紫红质解释了果蝇眼睛中的感光细胞的全部功能，因此尽管果蝇基因组含有第七种视紫红质的基因序列，但是Rh7的作用是未知的。
